Budova vodárny byla postavena v roce 1871 při budování tratě Rosice n. L. - H. Brod. Přestože trať již sloužila svému účelu, nebyla vodárna stále funkční. Vázly dodávky strojního zařízení. Stavba byla kolaudována až v roce 1873. V prostřední části byla strojovna se stojatým parním kotlem parním strojem a vodní pumpou. V prvním patře se nacházely dvě vodní nádrže, každá o objemu 30 m³. V levém křídle se nalézaly dvě kanceláře a v pravém potom byt strojníka. Vlastní přívod vody se obstarával pomocí zděného přivaděče z Labe, který byl na místě zaústění do řeky opatřen stavidlem.  V roce 1908, kdy je dráha zestátněna, také zanikají kanceláře a jsou přeměny na bytovou jednotku. Zároveň také údajně byly zazděny prostupy mezi střední částí a oběmi křídly budovy. Ke změnám dochází až roku 1930. V tento rok byl odstraněn parní stroj. Na místo něj došlo k instalaci dvou čerpadel na elektrický pohon. Protože ve špičkách neposkytovala dostatek proudu a zároveň pro případy výpadků sítě byl do vodárny zakoupen a nainstalován stabilní motor Lorenc s dynamem. Posléze se již stav budovy ani její vzhled výrazně neměnil. V době druhé světové války proběhla přetavba vnitřních příček v levém křídle a změněn byl vstup do sklepa. V letech 1947 – 1949 mizí beze stopy stabilní benzínový motor s dynamem. Jediná zpráva pochází z roku 1949, kdy není možné provést na tomto zařízení revizi, protože zařízení při ohledání místa chybí a bylo předáno neznámo kam. Od roku 1951 je rekonstruována přípojka elektrické instalace. Její rozvody jsou dodnes patrné. Při velké přestavbě stanice v letech 1960 – 1962 byly instalovány nové vodní jeřáby – jeden na Pardubickém a druhý na Hradeckém zhlaví. Provoz vodárny končí v roce 1979, kdy pardubické depo opouštějí poslední parní lokomotivy. Rokem 1984 se přestávají provádět revize na vodárenském zařízení. Dále již není vodárna využívána a stanice zde skladuje různé nepotřebné věci.  Vzhled budovy se mění až na konci 80. let minulého století, kdy započala stavba nadjezdu a s ním i rychlostní silnice směrem na Hradec Králové. Tím budova získala dnešní podobu, včetně nevhodného těsnému přimknutí k nadjezdu.

Od druhé poloviny 90. let jsou bytové jednotky opuštěny a stavba chátrá. Je příležitostně obydlena bezdomovci a hromadí se zde značné množství odpadků.

Vlastní Museum vzniklo na sklonku roku 2000, kdy si Pardubický spolek historie železniční dopravy budovu pronajal.  Od února do září 2001 a následně až do května 2002 jsme provedli rozsáhlé renovační práce na celé budově. Byly zcela opraveny střechy, dosazeny nové okapy a svody. Jedna střecha byla zabezpečena provizorně. Její oprava proběhla následně v červnu 2003. Vodárenská věž dostala zpevnění zdiva a novou omítku. V roce 2003 byly dokončeny omítky na celé budově. Objekt byl staticky zajištěn a opraveno vadné zdivo. Byly natřeny dřevěné části a opravena a následně zasklena okna, popř. dosazena chybějící. Uvnitř došlo nejprve k vyklizení cca 3 tun komunálního odpadu, který zde zbyl po bezdomovcích. Následně byly místnosti omítnuty a vymalovány. V celém objektu byla instalována nová elektroinstalace. Objekt byl rekolaudován za účelem provozování Stálé expozice – MUSEA. Od září 2001 se do Musea začaly instalovat exponáty. Většinu prací provedl spolek svépomocí pouze pod nutným dozorem. Náročné opravy poškozených střech byly svěřeny odborné firmě. Elektroinstalaci provedly osoby odborně způsobilé. Na přelomu let 2003-2004 byla zřízena další výstavní místnost z původní velmi vlhké kuchyňky.

Budova je také prohlášena kulturní památkou ČR.